Google Workspace(旧:G Suite)で利用する場合、サービスの利用を一部のユーザーに限定できますか。

はい。Google Workspace(旧:G Suite)における一部のユーザーに限定して「メールZipper」を利用することは可能です。
手順詳細は、以下のマニュアルをご参照ください。

Google Workspace(旧:G Suite)設定方法(一部のユーザーで利用する場合)